Третий сезон «Бункер» представляет собой переплетение двух историй. Одна из них раскрывает тайну появления зловещего подземного мира. Другая продолжает повествование о людях, живущих в убежище.
Действия, происходившие столетия назад, переносят зрителей в далекое прошлое. Там репортер Хелен Дрю и политик Дэниел Кин оказываются в центре опасных интриг. Их попытки разобраться в ситуации запускают цепь событий. Эти события навсегда меняют будущее человечества. В итоге создается мир, знакомый нам по предыдущим сезонам.